Sebagai Madrasah Riset sebegaimana Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No.6757 Tahun 2020 Kanwil Kementerian Agama D.I. Yogyakarta yang menetapkan MAN 3 Bantul sebagai madrasah riset. MAN 3 Bantul menyelenggarakan program riset ilmiah yang diberikan kepada siswa kelas X dan XI. Program ini bertujuan untuk membentuk generasi peneliti muda yang kritis dan inovatif, sesuai dengan kebijakan madrasah dan arahan dari Kantor Wilayah Kementerian Agama DIY.
Capaian Kompetensi Riset dan Karya Tulis Ilmiah: Siswa mampu menerapkan metode ilmiah, menyusun proposal, membuat laporan penelitian, dan mempresentasikan hasil penelitian
Tujuan penyelenggaraan riset di MAN 3 Bantul
Pembelajaran riset dilakukan secara intrakurikuler (muatan lokal Riset), kokurikuler (karya tulis ilmiah kelas XI), dan ekstrakurikuler Excellent Research Club (ERC).